Az Atlético de Rafaelának utánpótláscsapata az Atlético Rafaela, tartalék, amely az argentin labdarúgás harmadosztályában, a Primera B Metropolitana bajnokságban szerepel. A klub székhelye Santa Fe városában található. Az utánpótláscsapatot 2004-ben alapították, és azóta is a Primera B Metropolitana bajnokságban játszik. Az Atlético Rafaela, tartalék legnagyobb sikere a 2014-es bajnoki cím volt.