Az FCI Tallinn II egy észt labdarúgócsapat, amelynek székhelye Tallinnban található. Az észt másodosztályban, az Esiliigában szerepel. A csapatot 2008-ban alapították, és otthona a Kadrioru stadiont, amelyet az FC Flora Tallinn csapatával oszt meg.

Az FCI Tallinn II az FC Flora Tallinn tartalékcsapata, és célja, hogy fiatal, tehetséges játékosokat fejlesszen a felnőtt csapat számára. Az évek során a csapat több játékost is adott az első csapatnak, köztük Rauno Sappinen, Märten Kuusk és Henri Anier.

Az FCI Tallinn II legnagyobb sikere az Esiliiga 2018-as megnyerése volt, amivel feljutott az élvonalba. Azonban egy év után kiestek, és azóta is a másodosztályban szerepelnek.

A csapat jelenlegi vezetőedzője Indrek Zelinski, aki 2023. januárjában vette át a csapat irányítását. A csapat színei a zöld és a fekete, amely az FC Flora Tallinn színeire utal.